Wanneer er een fiscale waardebepaling gedaan wordt, wordt deze opgesteld voor fiscale doeleinden, dus om te gebruiken wanneer er belasting afgerekend moet worden over de waarde van een onderneming of bij een meningsverschil met de Belastingdienst.
Een fiscale waardebepaling wordt vaak toegepast bij de een bedrijfsoverdracht tussen bijvoorbeeld ouders en kinderen. De verkoopprijs staat dan vaak al vast omdat deze in overleg tussen de ouders en kinderen is bepaald. De waardebepaling is alleen noodzakelijk om te weten over welk bedrag de kinderen bijvoorbeeld schenkingsbelasting moeten betalen, welk gedeelte onder de BOR-regeling kan worden ondergebracht en welk gedeelte werkelijk betaald moet worden door de overnemende partij. Prijs-opdrijvende-factoren – zoals twee strategische overnamepartijen die elkaar overbieden om de onderneming te mogen overnemen – worden bij een fiscale buiten beschouwing gelaten.